Интерфейс

Mozilla Thunderbird имеет простой, гибко настраиваемый интерфейс. Вы можете добавлять и удалять кнопки на панели, менять раскладки окон.
Безопасность

Mozilla Thunderbird не использует ни строчки кода от Internet Explorer. Программой поддерживаются цифровые подписи, шифрование сообщений, а также проверка сертификатов.
HTML

HTML редактор писем создает компактный код. Одно и то же письмо, написанное в Mozilla Thunderbird и Outlook Express будет иметь разный размер, отличающийся в 4-5 раз.

Mozilla Thunderbird не указывает жестко по умолчанию шрифты, которыми будет набираться сообщение, и как результат, получатель прочитает сообщение, используя тот шрифт, который нравится ему, а не отсылающему.

Смайлики помещаются в сообщения не как картинки, а как HTML теги. Все остальные почтовые программы могут только загромождать письма графикой.
Кодировки

Проблем с кодировками не существует. Письма из других почтовых клиентов отображаются правильно, а сам Mozilla Thunderbird создает такие сообщения, которые без проблем читают остальные почтовые программы.
Расширяемость

Поддерживается смена тем оформления и установка модулей расширений.
Реклама, фильтры

Реклама обнаруживается автоматически, и вы можете делать с ней все, что угодно. Кроме того, почтовый клиент может хранить вашу почту как в отдельных папках для каждого ящика, так и в общей для всех. Другие почтовые программы могут что-то одно.
Интерфейс легко настраивается под потребности пользователя. Дополнительные модули, расширяющие функциональность, можно взять по этой ссылке